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沈阳农业大学考研,沈阳农业大学考研分数线
驴乳是营养丰富、生物学价值较高并具有一定保健功能的天然食品。驴乳中除脂肪含量显著低于人乳外,其他化学成分都与人乳相近。驴乳中蛋白质含量较低,且主要是乳清蛋白,易于消化吸收,适合于婴幼儿肾功能发育不完善以及肠道对渗透压耐受能力较弱的特点;乳糖含量高,可促进婴幼儿肠道有益微生物增殖以及钙吸收。

沈阳农业大学食品学院的柴玉霞、岳喜庆、杨 梅*等构建驴乳及人乳外泌体的小rna(srna)文库,应用illumina测序技术对驴乳及人乳外泌体中的mirna进行测序分析,并对鉴定出的mirna进行生物信息学分析,分析其功能及差异性。通过对驴乳及人乳外泌体mirna对比分析,有助于加深对驴乳外泌体mirna的种类及功能性的认知,为开发以驴乳为原料的更适合婴幼儿需求的配方乳粉提供理论依据。
1、驴乳和人乳外泌体的表征

如图1所示,驴乳和人乳样本中均可见大小均匀、形态一致的圆形囊泡,直径约为100 nm,且呈经典茶托样结构,与此前对外泌体形态结构的研究结果相符。
2、测序数据质量及序列长度分布特征

在驴乳和人乳外泌体中分别鉴定到10 038 218、15 285 595 条原始序列(表1),质量控制后,驴乳中得到纯净序列4 123 989 条,占原始序列的41.08%。人乳中纯净序列共4 953 715 条,占比32.41%(表2)。后续分析时,长度<18 nt或>32 nt、含n序列等低质量序列均已去除。

如图2所示,驴乳与人乳的纯净序列长度主要分布在18~22 nt,驴乳样本中srna序列长度主要集中在20 nt,占比26.07%,与驴乳相比,人乳中srna序列长度分布更均匀。

从图3可以看出,驴乳与人乳外泌体中,不同长度srna首位碱基均对g有显著偏好性,驴乳外泌体srna的10、12号位点对碱基u具有显著偏好性。与驴乳相比,人乳外泌体srna各位点碱基占比分布较均匀,其中1、2、3、28号位点对碱基g有显著偏好性,在25、26、27号位点对碱基c有显著偏好性。
3、srna序列的分类注释

如表3所示,驴乳外泌体中srna序列共有4 123 989 条,其中与数据库比对成功的有3 161 039 条,占比76.65%。人乳外泌体中srna序列共有4 953 715 条,与数据库比对成功的有3 402 874 条,占比68.69%。驴乳和人乳外泌体srna序列中均含有rrna、mirna、核仁小rna(snornas)、snrna、trna等,其中rrna数量最多,占比分别为73.14%(驴乳)和64.16%(人乳)。
4、已知mirna的鉴定及新mirna预测

由表4可知,在人乳和驴乳外泌体mirna中,分别鉴定到36 种和16 种成熟mirna,其中let-7家族成员let-7a、let-7c和let-7g在人乳和驴乳外泌体中均被检测到。let-7家族因其广泛的功能特性而备受关注。研究发现,let-7可以结合靶mrna的互补位点,影响蛋白翻译过程或改变mrna的稳定性,进而影响基因表达。
5、靶基因预测及功能分析
靶基因go功能性分析

对已知mirna的靶基因进行go二级分类注释和统计分析,如图4~6所示,驴乳和人乳外泌体mirna参与的生物过程和细胞组成相似,都参与细胞代谢过程、单一生物体过程、刺激反应、生物过程调节、细胞及细胞器的构成等条目,但不同乳中注释到同一go条目的靶基因不同。此外,人乳与驴乳外泌体mirna参与的分子功能具有显著差异。驴乳外泌体已知mirna中,共19 条靶基因被注释到分子功能类的3 个条目,其中17 条靶基因与结合作用相关,其余2 条靶基因分别参与催化活性和分子功能调节器。人乳外泌体已知的成熟mirna中,20 366 条靶基因被注释到分子功能类的18 个条目,其中9 998 条靶基因与结合作用有关,其余靶基因分别参与催化活性、信号传感器活性、核酸转录因子活性、转运蛋白活性、分子传感器活动、分子功能调节器、转录因子活性,蛋白质结合、结构分子活性、电子载体活性等条目。
靶基因通路富集分析

本实验在驴乳和人乳外泌体mirna的靶细胞中均富集到了磷脂酶d信号通路、甘油磷脂代谢和糖基磷脂酰肌醇锚生物合成等通路(表5)。驴乳外泌体mirna中脂质代谢相关通路的发现,丰富了驴乳外泌体功能性的理论研究,能够进一步对以驴乳为原料的婴幼儿乳制品的研发提供理论依据。
结 论
利用illumina测序技术和生物学信息分析技术对驴乳和人乳外泌体中srna进行测序分析,并对其所含mirna的种类、数量及其功能性进行鉴定与分析。驴乳外泌体中srna序列长度主要集中在20 nt,不同长度srna首位碱基均对g有显著偏好性。在驴乳外泌体中鉴定到16 种已知mirna,预测到196 个新mirna序列,已知mirna中let-7a、let-7c、eca-mir-429和let-7g表达量较高。生物信息学分析表明驴乳外泌体mirna的功能性与人乳外泌体mirna相似,主要参与细胞代谢过程、结合作用、细胞及细胞器的构成,并参与了磷脂酶d代谢、甘油磷脂代谢和糖基磷脂酰肌醇锚生物合成等脂质代谢相关通路。本研究对驴乳外泌体中mirna的种类和功能进行初步探索,发现一些共有的mirna家族及通路,为开发以驴乳为原料的婴幼儿乳粉及功能性乳制品提供一定参考。
本文《驴乳外泌体中mirna的测序与分析》来源于《食品科学》2022年43卷14期151-157页,作者:柴玉霞,王新宇,岳喜庆,杨梅。doi:10.7506/spkx1002-6630-20210930-360。点击下方阅读原文即可查看文章相关信息。
修改/编辑:袁艺;责任编辑:张睿梅
图片来源于文章原文及摄图网。

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